当日発表に使ったスライドはこちらです。
当日の応用セッションで教えていただいたggplotの技をつかったものはこちら。revearjs を使ってみました。
CiNii Articles はこちら。国立情報学研究所の論文データベースです。
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多重対応分析(MCA)は、幾何学的データ解析(GDA)という分析枠組みの中の中心的ツールで、データの構造化にとって、サプリメンタリ変数をなににするか、ということが重要、という話を(さわりですが)しました。
[advanced_iframe src=”//419kfj.sakura.ne.jp/mm/macversion/” width=”100%” ]
残念ながらスマホ、タブレット(iOS)のブラウザでは表示されないようです。
Sympyを使いたくて研究室のiMac(10.13.5 High Sierra)にもAnacondaをインストール。
Python入れてSympy関連を入れて….とやらなくても、Anacondaに全部入っているので、これはラクチンです。他の設定なしで使えます。ここなどを参考にしました。
で、MacBook(10.11.6 Elcaption)ではなんの設定もなく使えていたのに、Anaconda Navigator でJupyter notebook を起動できません。
検索すると、~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py の設定などの説明があったので、それもやってみたのですが、ダメ。
ただ、そのURL(http://localhost:8888/?token=9bccb41a81dc8f9f670b30c1f71eae9c11bbdb41050f9855&token=…….)をSafariにもっていくと使えたので、サーバーは動いていてそれのURLでブラウザを起動できないもよう。エラーメッセージにあった、proxyでブロックされてませんか、ということをヒントに、iMacのproxy設定をみたところ、localhost がproxy除外対象になっていなかったことを発見。localhost を「プロキシ設定を使用しないホストとドメイン:」に設定して試したところ解決しました。
MacBookで問題になってなかったのは、OSのversionの問題ではなく、これではproxy環境でJupyter Notebook を使ってなかったので問題にはならなかったということみたいです。
ただ、windowは新しいものを開きたいので、先のリンクにあった、jupyter_notebook_config.py の記述で、”%s
の後に、 --new-window
というオプション”というところを参考にさせていただいて、これもめでたく設定完了。MacBookの方も設定しておきます(^^)。
ネット上の諸賢に感謝です。
x <- rnorm(100)
y <- rnorm(100)
plot(x,y)
カテゴリカルデータの可視化には、Michael Friendly先生たちのvcd(その名もずばり、Visualizing of Categorical Data:カテゴリカルデータの可視化)が有効なことはいろいろなところでこのパッケージが紹介されていることからもわかります。ただ、グラフィックがbase graphics ではなく、(latticeやggplot2でも使われている)gridであることもあり、日本語表示が簡単ではありませんでした。
しかし、gpar に日本語フォントを指定することでmosaicなどのvcd function で日本語が使えるようになります。
当初は、一々mosaic()の中にパラメータで書いていたのですが、さすがに面倒になったので、wrapper をパッケージにしてみました。
Github からインストールできますので、使ってみてください。
if(!require(devtools)) install.packages("devtools") devtools::install_github("419kfj/futools")
library(vcd) library(RColorBrewer) library(futools)
data(HairEyeColor_jp) mosaic_jp0(HairEyeColor_jp)
# without cell color mosaic_jp2(HairEyeColor_jp) # set cell color by color matrix cset <- t(matrix(rep(brewer.pal(4,"Blues"),2),ncol=2)) mosaic_jp2(HairEyeColor_jp,gp=gpar(fill=cset,col=0)) # Pearson residulas mosaic_jp2(HairEyeColor_jp,shade=TRUE)
Reference:
2018-03-03 Tokyo.
以下にスライドとスクリプトを公開してあります。
・発表スライド https://www.slideshare.net/kazuofujimoto/ss-89428948?from_m_app=ios
・資料としてつくったスクリプト(R) http://rpubs.com/kfj419/365002
作者のgithub の以下にところから取得可能です。
CA(対応分析)についてのツールのcheatssheet。
https://github.com/kassambara/factoextra/blob/master/docs/CA.pdf
PCA(主成分分析)についてのツールのcheatssheet。
https://github.com/kassambara/factoextra/blob/master/docs/PCA.pdf
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